brew doctor
を叩いたところ異常が見つかったため、入れなおすことにしました。
OSをアップデートしたタイミングでおかしくなったような気がします。
またOSをアップデートするとおかしくなるかもしれないので、忘れないようにメモしておきます。
アンインストール
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/uninstall)"
インストール
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
無事になおりました。