min-heightを設定した要素の子要素の高さを100%にしした際に気づきました。
Chrome, Safari, Firefox, IE10, IE11 と IE8, IE9 で挙動が変わってきます。
DEMO
Chrome, Safari, Firefox, IE10, IE11 の場合
bodyの高さが1200px以下の場合も#wrapperの高さは1200px確保されます。想定通りの挙動です。
IE8, IE9 の場合
bodyの高さが1200px以下の場合、#wrapperの高さがbodyの高さになります。困りました。
解決法
今回は時間がなかったため、windowのリサイズと同時に#wrapperの高さをJavaScriptで変更して解決しました。頑張ればCSSだけで解決できそうな気もします。
JavaScript
$(function() { "use strict"; var $win = $(window), $wrapper = $("#wrapper"), minHeight = 1200; $win.on("resize", function() { $win.height($win.height > minHeight ? $win.height : minHeight); }).trigger("resize"); });