これまでブックマークレットのつくりかたをあれこれ模索してきましたが、
javascript: void((function() { var script = document.createElement('script'); script.setAttribute('type', 'text/javascript'); script.setAttribute('charset', 'UTF-8'); script.setAttribute('src', '実行したいJSファイルのパス'); document.body.appendChild(script); })());
をエスケープ & minify して、
javascript:void((function()%7Bvar%20s%3Ddocument.createElement(%27script%27)%3Bs.setAttribute(%27type%27,%27text/javascript%27)%3Bs.setAttribute(%27charset%27,%27UTF-8%27)%3Bs.setAttribute(%27src%27,%27実行したいJSファイルのパス%27)%3Bdocument.body.appendChild(s)%3B%7D)())%3B
とするのが良いのではないかと思いました。
この際、実行したいJavaScriptをhttpに置いてしまうと、httpsのサイトから実行できなくなってしまうので、どうしたもんかと思っていたのですが、
GitHub Pages をつかえば http でも https でもアクセスできるページがつくれるので、ブックマークレット用のJavaScriptファイルはGitHub Pagesにおいておくのが良いのではないかと思いました。